事業所単位で発注したい場合、事業所ごとに登録するのでしょうか。

はい、各事業所の発注担当者の方が、当サイト経由でPaid番号をそれぞれ取得してください。
ご登録された各事業所の請求先へ請求書が発行されます。

本社（または一事業所）で支払いを管理する場合、複数の事業所に配送は可能ですか。

お届け先が日本国内であれば対応可能です。
下記を参考に、お届け先ごとに発注を分けてください。
＜ご注文の流れ＞
１.ご登録されたメールアドレスと請求先を、注文フォームに発注者情報として入力します。
２.商品のお届け先住所を必要に応じて入力し、発注ボタンを押します。
３.ニッポンジーンが受注登録に進むと、ご登録されたメールアドレス宛に「ご注文内容の確認」メールがPaidから届きます。
４.ニッポンジーンが商品を出荷し、決済を確定しますと、「決済確定のご連絡」メールがPaidから届きます。
５.銀行振込・コンビニ払いの場合、ご登録された請求先住所にPaidから請求書が郵送されます。